На Новом физтехе уже открыты четыре магистерских программы: Нанофотоника и метаматериалы, Радиочастотные системы устройства, Физика полупроводников и Квантовые материалы. Все программы имеют свои преимущества и особенности, например, программа Физика полупроводников является совместной с ФТИ им А. Ф. Иоффе, а программа Квантовые материалы на английском языке ведется самыми сильными исследователями-теоретиками Университета. Подробнее о каждой программе можно узнать на сайте Нового физтеха.